Вот, пожалуй, самые распространённые фразы.
Группа со значением “Привет”:

Охаё годзаймас (Ohayou gozaimasu) — “Доброе утро”. Вежливое приветствие. В молодежном общении может использоваться и вечером. Напоминаю, что в большинстве случаев “у” после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как “Охаё годзаймас”.
Охаё (Ohayou) — Неформальный вариант.
Оссу (Ossu) — Очень неформальный мужской вариант. Часто произносится как “Осс”.
Коннитива (Konnichiwa) — “Добрый день”. Обычное приветствие.
Комбанва (Konbanwa) — “Добрый вечер”. Обычное приветствие.
Хисасибури дэсу (Hisashiburi desu) — “Давно не виделись”. Стандартный вежливый вариант.
Хисасибури нэ? (Hisashiburi ne?) — Женский вариант.
Хисасибури да наа… (Hisashiburi da naa) — Мужской вариант.
Яххо! (Yahhoo) — “Привет”. Неформальный вариант.
Оой! (Ooi) — “Привет”. Весьма неформальный мужской вариант. Обычное приветствие при перекличке на большом расстоянии.
Ё! (Yo!) — “Привет”. Исключительно неформальный мужской вариант.
Гокигэнъё (Gokigenyou) — “Здравствуйте”. Редкое, очень вежливое женское приветствие.
Моси-моси (Moshi-moshi) — “Алло”. Ответ по телефону.

Группа со значением “Пока”:

Саёнара (Sayonara) — “Прощай”. Обычный вариант. Говорится, если шансы скорой новой встречи невелики.
Мата асита (Mata ashita) — “До завтра”. Обычный вариант.
Мата нэ (Mata ne) — Женский вариант.
Мата наа (Mata naa) — Мужской вариант.
Дзя, мата (Jaa, mata) — “Еще увидимся”. Неформальный вариант.
Дзя (Jaa) — Совсем неформальный вариант.
Дэ ва (De wa) — Чуть более формальный вариант.
Оясуми насай (Oyasumi nasai) — “Спокойной ночи”. Несколько формальный вариант.
Оясуми (Oyasumi) — Неформальный вариант.

Группа со значением “Да”:

Хай (Hai) — “Да”. Универсальное стандартное выражение. Также может значить “Понимаю” и
“Продолжайте”. То есть, оно совсем не обязательно означает согласие.
Хаа (Haa) — “Да, господин”. Очень формальное выражение.
Ээ (Ee) — “Да”. Не очень формальная форма.
Рёкай (Ryoukai) — “Так точно”. Военный или полувоенный вариант.

Группа со значением “Нет”:

Иэ (Ie) — “Нет”. Стандартное вежливое выражение. Также вежливая форма отклонения благодарности
или комплимента.
Най (Nai) — “Нет”. Указание на отсутствие или несуществование чего-либо.
Бэцу ни (Betsu ni) — “Ничего”.

Группа со значением “Конечно”:

Наруходо (Naruhodo) — “Конечно”, “Конечно же”.
Мотирон (Mochiron) — “Естественно!” Указание на уверенность в утверждении.
Яхари (Yahari) — “Так я и думал”.
Яппари (Yappari) — Менее формальная форма того же самого.

Группа со значением “Может быть”:

Маа… (Maa) — “Может быть…”
Саа… (Saa) — “Ну…” В смысле — “Возможно, но сомнения еще остаются”.

Группа со значением “Неужели?”:

Хонто дэс ка? (Hontou desu ka?) — “Неужели?” Вежливая форма.
Хонто? (Hontou?) — Менее формальная форма.
Со ка? (Sou ka?) — “Надо же…” Иногда произносится как “Су ка”
Со дэсу ка? (Sou desu ka?) — Формальная форма того же самого.
Со дэсу нээ… (Sou desu nee) — “Вот оно как…” Формальный вариант.
Со да на… (Sou da naa) — Мужской неформальный вариант.
Со нээ… (Sou nee) — Женский неформальный вариант.
Масака! (Masaka) — “Не может быть!”

Группа со значением “Пожалуйста”:

Онэгай симас (Onegai shimasu) — Весьма вежливая форма. Может использоваться самостоятельно. Особенно часто используется в просьбах типа “сделайте нечто для меня”.
Онэгай (Onegai) — Менее вежливая, более часто встречающаяся форма.
Кудасай (kudasai) — Вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Например, “китэ-кудасай” — “Пожалуйста, приходите”.
Кудасаймасэн ка? (kudasaimasen ka) — Более вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Переводится как “не могли бы вы сделать нечто для меня?”. Например, “китэ-кудасаймасэн ка?” — “Не могли бы вы придти?”.

Группа со значением “Спасибо”:
Домо (Doumo) — Краткая форма, обычно говорится в ответ на небольшую “бытовую” помощь, скажем, в ответ на поданное пальто и на предложение войти.
Аригато годзаймас (Arigatou gozaimasu) — Вежливая, несколько формальная форма.
Аригато (Arigatou) — Менее формальная вежливая форма.
Домо аригато (Doumo arigatou) — “Большое спасибо”. Вежливая форма.
Домо аригато годзаймас (Doumo arigatou gozaimasu) — “Огромное вам спасибо”. Очень вежливая, формальная форма.
Катадзикэнай (Katajikenai) — Старомодная, очень вежливая форма.
Осэва ни наримасита (Osewa ni narimashita) — “Я ваш должник”. Очень вежливая и формальная форма.
Осэва ни натта (Osewa ni natta) — Неформальная форма с тем же значением.
До итасимаситэ (Dou itashimashite) — Вежливая, формальная форма.
Иэ (Iie) — “Не за что”. Неформальная форма.

Группа со значением “Простите”:
Гомэн насай (Gomen nasai) — “Извините, пожалуйста”, “Прошу прощения”, “Мне очень жаль”. Весьма вежливая форма. Выражает сожаление по некоторому поводу, скажем, если приходится кого-то потревожить. Обычно не является собственно извинением за существенный проступок (в отличие от “сумимасэн”).
Гомэн (Gomen) — Неформальная форма.
Сумимасэн (Sumimasen) — “Прошу прощения”. Вежливая форма. Выражает извинение, связанное с совершением существенного проступка.
Суманай/Суман (Sumanai/Suman) — Не очень вежливая, обычно мужская форма.
Суману (Sumanu) — Не очень вежливая, старомодная форма.
Сицурэй симасу (Shitsurei shimasu) — “Прошу прощения”. Очень вежливая формальная форма. Используется, скажем, чтобы войти в кабинет начальника.
Сицурэй (Shitsurei) — Аналогично, но менее формальная форма
Мосивакэ аримасэн (Moushiwake arimasen) — “Мне нет прощения”. Очень вежливая и формальная форма. Используется в армии или бизнесе.
Мосивакэ най (Moushiwake nai) — Менее формальный вариант.

Прочие выражения:
Додзо (Douzo) — “Прошу”. Краткая форма, предложение войти, взять пальто и так далее. Обычный ответ — “Домо”.
Тётто… (Chotto) — “Не стоит беспокоиться”. Вежливая форма отказа. Например, если вам предлагают выпить чаю.

Группа “Уход и возвращение”:
Иттэ кимасу (Itte kimasu) — “Я ушел, но еще вернусь”. Произносится при уходе на работу или в школу.
Тётто иттэ куру (Chotto itte kuru) — Менее формальная форма. Обычно значит нечто вроде “Я выйду на минутку”.
Иттэ ирасяй (Itte irashai) — “Возвращайся поскорей”.
Тадайма (Tadaima) — “Я вернулся, я дома”. Иногда говорится и вне дома. Тогда эта фраза значит “духовное” возвращение домой.
Окаэри насай (Okaeri nasai) — “Добро пожаловать домой”. Обычный ответ на “Тадайма”.
Окаэри (Okaeri) — менее формальная форма.

Группа “Еда”:
Итадакимас (Itadakimasu) — Произносится перед тем, как начать есть. Буквально — “Я принимаю [эту пищу]”.
Готисосама дэсита (Gochisousama deshita) — “Спасибо, было очень вкусно”. Произносится по окончании еды.
Готисосама (Gochisousama) — Менее формальная форма.

Восклицания:
Кавайи! (Kawaii) — “Какая прелесть!” Часто употребляется по отношению к детям, девушкам, очень красивым парням. Вообще, в этом слове сильно значение “видимость слабости, женственности, пассивности (в сексуальном смысле этого слова)“. По мнению японцев, наиболее “кавайи” создание — это белокурая пай-девочка лет четырех-пяти с европейскими чертами лица и голубыми глазами.
Сугой! (Sugoi) — “Круто” или “Крутой/крутая!” По отношению к людям используется для обозначения “мужественности”.
Каккоии! (Kakkoii!) — “Крутой, красивый, офигительный!”
Сутэки! (Suteki!) — “Крутой, очаровательный, прекрасный!” Напоминаю, что в большинстве случаев “у” после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как Стэки!”.
Коваи! (Kowai) — “Страшно!” Выражение испуга.
Абунай! (Abunai) — “Опасно!” или “Берегись!”
Хидой! (Hidoi!) — “Злюка!”, “Злобно, плохо”.
Тасукэтэ! (Tasukete) — “На помощь!”, “Помогите!” Напоминаю, что в большинстве случаев “у” после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как “Таскэтэ!”.
Ямэро!/Ямэтэ! (Yamero/Yamete) — “Остановитесь!”
Дамэ! (Dame) — “Нет, не делайте этого!”
Хаяку! (Hayaku) — “Быстрее!”
Маттэ! (Matte) — “Постойте!”
Ёси! (Yoshi) — “Так!”, “Давай!”. Обычно произносится как “Ёсь!”.
Икудзо! (Ikuzo) — “Пошли!”, “Вперед!”
Итай!/Итээ! (Itai/Itee) — “Ой!”, “Больно!”
Ацуй! (Atsui) — “Горячо!”
Дайдзёбу! (Daijoubu) — “Все в порядке”, “Здоров”.
Кампай! (Kanpai) — “До дна!” Японский тост.
Гамбаттэ! (Ganbatte) — “Не сдавайся!”, “Держись!”, “Выложись на все сто!”, “Постарайся на совесть!” Обычное напутствие в начале трудной работы.
Ханасэ! (Hanase) — “Отпусти!”
Хэнтай! (Hentai) — “Извращенец!”
Урусай! (Urusai) — “Заткнись!”
Усо! (Uso) — “Ложь!”
Ёкатта! (или Юкатта!) (Yokatta!) — “Слава богу!”, “Какое счастье!”, «Я так рад(а)!»
Ятта! (Yatta) — “Получилось!”

Спасибо за очень полезную статью сайту:
http://anime.dvdspecial.ru/